Київський зоопарк створений за ініціативою професорів Університету Святого Володимира та Політехнічного інституту, викладачів, лікарів, громадських діячів. Офіційна дата заснування - 21 березня 1907 року, коли він отримав дозволи на оренду території для розміщення в ботанічному саду Університету Святого Володимира. Біля входу в звіринець встановили скриню, і завдяки пожертвам в кінці 1909 року колекція значно зросла - 115 видів хребетних тварин загальною кількістю 398 екземплярів.

З самого початку свого існування зоопарк утримувався за благодійні кошти від приватних осіб і меценатів. Колекція поповнювалася здебільшого за рахунок диких тварин, від яких відмовлялись власники та за рахунок подарунків. Міська влада двічі на рік виділяла субсидії на утримання зоосаду, але цих коштів все одно не вистачало. Навесні 1914 року відбулося переселення зоопарку на нове, більше місце у 23 гектари. У ярах тут викопали ставки для водоплавних птахів, на верхній території побудували загони, вольєри та клітки.

Але розвитку зоопарку завадила Перша світова війна, а потім і громадянська війна. Проте, вдалося зберегти колекцію тварин. За п’ять років заклад перейшов у власність новоствореної держави та отримав статус «Київський зоологічний парк».

У двадцятих роках минулого століття почався справжній розквіт зоопарку. Територію огородили парканом, побудували приміщення для слонів і мавп. Розширили старі вольєри, почала працювати ветеринарна лікарня та аптека.

Під час окупації Києва у 1941-1943 роках майже всіх тварин вивезли в Німеччину, а зоопарк зруйнували. Але заклад швидко відремонтували і вже у квітні 1944 він знову відкрився для відвідувачів. Протягом наступних десятиліть зоопарк розбудовувався, його реконструювали, побудували нові приміщення для кас, павільйон для птахів, приматів.

Зараз, під час воєнних дій зоопарк працює. За цей час заклад прийняв багато нових тварин. Наприклад, з приватного зоопарку міста Ясногородка приїхали 11 переляканих маленьких мавп, тигрицю Далілу врятували теж з приватного  зоопарку Харкова. А тим часом у київському зоо 27 червня народилися двоє маленьких бізончиків – Варта і Вікінг.